El nombre de Villangomez se debe al fundador de la villa, don Gome o Gómez. Está documentado que el nombre de esta localidad deriva de Villa de Don Gómez, que es como firmaban en el año 1185 los vecinos de la misma en un pergamino de la Catedral de Burgos. El citado documento está firmado por García Martínez de Villa don Gomez y Rodrigo Martínez de Villa don Gomez, ambos son testigos de una venta de la condesa doña Urraca al obispo de Burgos. Esta es la primera vez que puede leerse el nombre de la villa, pero Villangomez tenía ya por entonces casi tres siglos de existencia que están sin documentar.
Todo el Campo de Muñó y Villangomez pertenecían al alfoz y merindad de Muñó, que fue repoblado con rapidez tras la fundación de la ciudad y el castillo de Burgos (año 884). Los foramontanos hallaron aquí las tierras abiertas con las que soñaban en las estrecheces y hambrunas del norte; aquí pudieron cosechar y vendimiar sus majuelos e instalar rebaños de ovejas. Los condes de frontera apoyaron esta repoblación, acrecida con la llegada de mozárabes a Andalucía, con una pantalla de defensas en las orillas del Arlanza. El estilo de repoblación que operó en el Campo de Muñó fue semejante al de otras fronteras de Castilla; los grupos de reconquistadores-repobladores ocupaban el territorio por la ley de “pressura”, es decir, ocupaban una parte del territorio en la que fundaban el poblado y se constituían en concejo que señalaba la propiedad comunal y particular. Para hablar de la historia de Villangomez hay que ir rescatando pergaminos en los que se cita a la villa, como por ejemplo uno de 1233, en el que se cuenta que don Ramiro de Villangomez es nombrado juez por el rey San Fernando a favor del Monasterio de Santo Domingo de Silos.
Villangomez fue, como otras villas de Muñó, centro de inversiones agrarias. El campo y la ciudad eran casi las únicas posibilidades para colocar sus dineros los ahorradores medievales, como así lo hizo en el siglo XIII el linaje catalán de Los Brunet. Don Arnaldo Brunet y su esposa, doña Guillerma, estaban en Castilla en los últimos años del reinado de Alfonso VIII. Tuvieron un hijo, don Liger, que más tarde compró varias haciendas en Villangomez, unas tierras que en el año 1244, pasarán a formar parte del patrimonio del Monasterio de Santa María La Real de Bujedo de Juarros, perteneciente a la orden cisterciense a la que el matrimonio pidió su incorporación. De esta forma los monjes entraron en posesión de bienes que pronto extendieron por las villas de Montuenga y Cogollillos, hoy desaparecido. Esta parte del dominio cisterciense no permaneció estático; los monjes lo ensancharon y mantuvieron hasta el año 1835. Este es un dato de la vida secular de Villangomez, pero hay muchos más, por ejemplo en el año 1236 comienzan a seguirse las compras de tierras, como la que hace doña Teresa de Cercos en Val de Villangomez. En el año 1254 aparece la villa en el libro de Préstamos de la diócesis de Burgos con 18 maravedises.
Villangomez aparece igualmente en el Libro de las Behetrías de Castilla (1352), una institución de la que gozaban muchas villas castellanas por la que podían elegir a su “benefactor” y mantenerlo el tiempo que quisieran. El ayuntamiento de Villangomez incluye hoy al de Villafuertes, pero antaño incluía otras dos villas hoy desaparecidas como Basconcillos y Quintanilleja. Basconcillos aparece en el Becerro de las Behetrías con personalidad propia y como lugar de señorío de la Catedral de Burgos, a la que en el año 1352 no pagaban el impuesto de infurción (impuesto de solares) porque la famosa peste negra había disminuido mucho la población. Contribuían a la hacienda del rey con 90 maravedises; la explotación de las fincas propias del cabildo la pacta en el año 1427 el famoso Alonso García de Santa María, que luego será obispo de Burgos, el que levantó las torres de la Catedral por diez florines de oro. La otra localidad, Quintanilleja, era propiedad del Conde de Montijo, padre de la emperatriz de Francia, al que los vecinos pagaban en el año 1843, 80 fanegas de trigo y cebada. Por otro lado, en los censos del siglo XVI, Villangomez aparece en el partido de Madrigalejo, junto con otras nueve villas que suman 472 vecinos. En el siglo XVIII sigue en el régimen de realengo, en el que se mantuvo durante toda su historia hasta la abolición del régimen señorial. Los cambios sociales y económicos de la segunda parte del siglo XIX han afectado a Villangomez, pero no han cambiado el espíritu de la villa.
